Depuis plusieurs années, Médecins du Monde intervient en Indonésie pour faciliter l'accès aux soins de populations en difficulté. En Papouasie occidentale notre ONG a démarrée en août 2004, la première phase du projet de MdM visant à diminuer la prévalence des IST (Infections Sexuellement Transmissible) et l’incidence du VIH/sida dans le district de Puncak Jaya s’est achevée en février 2006. A Jakarta l’action de MdM porte sur l’aide à la population urbaine et marginalisée des bidonvilles et dans le district de Malinau, l'aide au Punan s'organise autour de cliniques mobiles, de formations d’agents de santé communautaire punan, de soins de santé primaire et un soutien à l’association Adat Punan qui représente les intérêts des Punan de Kalimantan.
Notre ONG est également présent pour répondre aux situations d'urgence comme celle du tsunami en 2004 ou des inondations à Jakarta en février 2007.